祁门县中医医院成立于1986年， 是一所集医疗、科研、教学和中医技术指导于一体的一所综合性二级甲等中医医院。担负着祁门及周边地区群众的中医医疗，预防、保健、康复以及突发性公共卫生事件的紧急救治任务，医疗服务范围覆盖黟县、石台及江西省浮梁县等周边地区。医院占地 20167.37 平方米，医疗用房总面积 15313 平方米。目前医院编制床位为180张，六个病区实际开放床位为 239 张，在职职工224 人，高中级技术人员 130余人(其中安徽省基层名中医2人，新安医学非遗传人1人)。科室设置齐全，诊疗科室有内科、外科、妇产科、儿科、眼耳鼻喉科、皮肤科、 灸康复科、麻醉科、肛肠科、急诊科、 休检科、血液透析室、医技科室有放射科、CT室、检验科、胃肠镜室超声心电科、 石科 病理料， 输血科、消毒供应室、药械科。诊疗1设施齐全，设备精良，除中心供氧及常规配置外，还配备有螺旋 CT机、DR、CR、LEEP刀、电子冒肠镜、全自动重化仪、彩色多普勒呼气试验测试仪、腹腔镜、关节镜等先进诊疗设备和一系列中医康复理疗设备。目前有全国基层名老中医药专家传承工作室1个,安徽省基层名中医工作室1个，劳模创新工作室1个。骨伤科、肾病科和针灸科是省级重点特色专科，肛肠、糖尿病是市级重点专科专病。针灸科是全国中医药系统 2018-2020年改善医疗服务先进典型科室。医院先后被评为“骨伤特色医院”“爱婴医院”、“全省示范中医院”、“安徽省十佳中医院”、“全省百家最佳优质服务单位”、“市文明窗口单位”、“省中帼文明岗”和中华全国总工会授予“模范职工小家”县“药械不良反应事件监测工作先进单位”等称号。2019年医院被纳人全国“全面提升县级医院综合能力第二阶段县级医院”建设单位。是安徽中医药大学实习医院、新安医学实践基地。